sig
  val raw_mixture_to_species :
    ?parameters:Remanent_parameters_sig.parameters ->
    ?sigs:Signature.s ->
    Pattern.PreEnv.t ->
    Raw_mixture.t ->
    (int * int) list -> Pattern.PreEnv.t * Pattern.cc * Pattern.id
  val mixture_to_pattern :
    ?parameters:Remanent_parameters_sig.parameters ->
    ?sigs:Signature.s ->
    Pattern.PreEnv.t ->
    LKappa.rule_mixture ->
    (int * int) list -> Pattern.PreEnv.t * Pattern.cc * Pattern.id
  val species_to_raw_mixture :
    ?parameters:Remanent_parameters_sig.parameters ->
    sigs:Signature.s ->
    Pattern.cc -> (Raw_mixture.t * (int * int) list) option
  val pattern_to_mixture :
    ?parameters:Remanent_parameters_sig.parameters ->
    sigs:Signature.s ->
    Pattern.cc -> (LKappa.rule_mixture * (int * int) list) option
  val pattern_id_to_mixture :
    ?parameters:Remanent_parameters_sig.parameters ->
    Model.t -> Pattern.id -> (LKappa.rule_mixture * (int * int) list) option
  val pattern_id_to_cc : Model.t -> Pattern.id -> Pattern.cc option
  val raw_mixture_to_lkappa_rule : Raw_mixture.t -> LKappa.rule
  val species_to_lkappa_rule :
    ?parameters:Remanent_parameters_sig.parameters ->
    sigs:Signature.s -> Pattern.t -> LKappa.rule
  val species_to_lkappa_rule_and_unspec :
    ?parameters:Remanent_parameters_sig.parameters ->
    sigs:Signature.s -> Pattern.t -> LKappa.rule * (int * int) list
  val pattern_to_lkappa_rule :
    ?parameters:Remanent_parameters_sig.parameters ->
    sigs:Signature.s -> Pattern.cc -> LKappa.rule
  val pattern_id_to_lkappa_rule :
    ?parameters:Remanent_parameters_sig.parameters ->
    Model.t -> Pattern.id -> LKappa.rule
  val pattern_id_to_lkappa_rule_and_unspec :
    ?parameters:Remanent_parameters_sig.parameters ->
    Model.t -> Pattern.id -> LKappa.rule * (int * int) list
  val copy_agent_in_raw_mixture : Raw_mixture.agent -> Raw_mixture.agent
  val copy_agent_in_lkappa : LKappa.rule_agent -> LKappa.rule_agent
end