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Module Cckappa_sig

module Cckappa_sig: sig .. end
* cckappa_sig.mli * openkappa * Jérôme Feret, projet Abstraction/Antique, INRIA Paris-Rocquencourt * * Creation: January, the 17th of 2011 * Last modification: Time-stamp: <Nov 11 2017> * * * Signature for prepreprocessing language ckappa * * Copyright 2010,2011,2012,2013,2014 Institut National de Recherche en Informatique et * en Automatique. All rights reserved. This file is distributed * under the terms of the GNU Library General Public License
type site = (Ckappa_sig.c_site_name, Ckappa_sig.c_site_name) Ckappa_sig.site_type 
type state_dic = (unit, unit) Ckappa_sig.Dictionary_of_States.dictionary 
type kappa_handler = {
   nrules : int;
   nvars : int;
   nagents : Ckappa_sig.c_agent_name;
   agents_dic : Ckappa_sig.agent_dic;
   interface_constraints : Ckappa_sig.agent_specification
Ckappa_sig.Agent_type_nearly_Inf_Int_storage_Imperatif.t;
   sites : Ckappa_sig.site_dic Ckappa_sig.Agent_type_nearly_Inf_Int_storage_Imperatif.t;
   states_dic : state_dic
Ckappa_sig.Agent_type_site_nearly_Inf_Int_Int_storage_Imperatif_Imperatif.t;
   dual : (Ckappa_sig.c_agent_name * Ckappa_sig.c_site_name * Ckappa_sig.c_state)
Ckappa_sig.Agent_type_site_state_nearly_Inf_Int_Int_Int_storage_Imperatif_Imperatif_Imperatif.t;
} 
type 'a interval = {
   min : 'a;
   max : 'a;
} 
type 'state port = {
   site_name : Ckappa_sig.c_site_name;
   site_position : Ckappa_sig.position;
   site_free : bool option;
   site_state : 'state;
} 
type 'state interface = 'state port Ckappa_sig.Site_map_and_set.Map.t 
type 'interface proper_agent = {
   agent_kasim_id : Ckappa_sig.c_agent_id;
   agent_name : Ckappa_sig.c_agent_name;
   agent_interface : 'interface;
   agent_position : Ckappa_sig.position;
} 
type site_address = {
   agent_index : Ckappa_sig.c_agent_id;
   site : Ckappa_sig.c_site_name;
   agent_type : Ckappa_sig.c_agent_name;
} 
type bond = site_address * site_address 
module Address_map_and_set: Map_wrapper.S_with_logs 
  with type elt = site_address
module KaSim_Site_map_and_set: Map_wrapper.S_with_logs 
  with type elt = (string, string) Ckappa_sig.site_type
type agent =
| Ghost
| Agent of Ckappa_sig.c_state interval interface
proper_agent
| Dead_agent of Ckappa_sig.c_state interval interface
proper_agent * KaSim_Site_map_and_set.Set.t
* (string, unit) Ckappa_sig.site_type Ckappa_sig.Site_map_and_set.Map.t
* Ckappa_sig.link Ckappa_sig.Site_map_and_set.Map.t
| Unknown_agent of (string * Ckappa_sig.c_agent_id) 
type agent_sig = Ckappa_sig.c_state list interface proper_agent 
type views = agent
       Ckappa_sig.Agent_id_quick_nearly_Inf_Int_storage_Imperatif.t 
type diff_views = Ckappa_sig.c_state interval port
       Ckappa_sig.Site_map_and_set.Map.t proper_agent
       Ckappa_sig.Agent_id_quick_nearly_Inf_Int_storage_Imperatif.t 
type mixture = {
   c_mixture : Ckappa_sig.mixture;
   views : views;
   bonds : site_address Ckappa_sig.Site_map_and_set.Map.t
Ckappa_sig.Agent_id_quick_nearly_Inf_Int_storage_Imperatif.t;
   plus : (Ckappa_sig.c_agent_id * Ckappa_sig.c_agent_id) list;
   dot : (Ckappa_sig.c_agent_id * Ckappa_sig.c_agent_id) list;
} 
type enriched_variable = {
   e_id : string * Ckappa_sig.position;
   e_id_dot : string * Ckappa_sig.position;
   c_variable : (Ckappa_sig.mixture, string) Alg_expr.e;
   e_variable : (mixture, string) Ast.variable_def;
} 
type actions = {
   creation : (Ckappa_sig.c_agent_id * Ckappa_sig.c_agent_name) list;
   remove : (Ckappa_sig.c_agent_id *
unit interface proper_agent *
Ckappa_sig.c_site_name list)
list;
   release : bond list;
   bind : bond list;
   half_break : (site_address * Ckappa_sig.c_state interval option)
list;
} 
type rule = {
   prefix : int;
   delta : int;
   rule_lhs : mixture;
   rule_rhs : mixture;
   diff_direct : diff_views;
   diff_reverse : diff_views;
   actions : actions;
} 
type modif_expr =
| APPLY of ((mixture, string) Alg_expr.e * rule *
Ckappa_sig.position)
| UPDATE of (string * Ckappa_sig.position * (mixture, string) Alg_expr.e *
Ckappa_sig.position)
| STOP of Ckappa_sig.position
| SNAPSHOT of Ckappa_sig.position 
type perturbation = (((mixture, string) Alg_expr.bool * Ckappa_sig.position) *
        modif_expr list *
        ((mixture, string) Alg_expr.bool * Ckappa_sig.position) option) *
       Ckappa_sig.position 
type enriched_rule = {
   e_rule_label : (string * Ckappa_sig.position) option;
   e_rule_label_dot : (string * Ckappa_sig.position) option;
   e_rule_initial_direction : Ckappa_sig.direction;
   e_rule_rule : Ckappa_sig.mixture Ckappa_sig.rule;
   e_rule_c_rule : rule;
} 
type enriched_init = {
   e_init_factor : (Ckappa_sig.mixture, string) Alg_expr.e;
   e_init_c_factor : (mixture, string) Alg_expr.e;
   e_init_mixture : Ckappa_sig.mixture;
   e_init_c_mixture : mixture;
} 
type compil = {
   variables : enriched_variable
Ckappa_sig.Rule_nearly_Inf_Int_storage_Imperatif.t;
   signatures : agent_sig Int_storage.Nearly_inf_Imperatif.t;
   rules : enriched_rule Ckappa_sig.Rule_nearly_Inf_Int_storage_Imperatif.t;
   observables : (mixture, string) Alg_expr.e Locality.annot
Int_storage.Nearly_inf_Imperatif.t;
   init : enriched_init Int_storage.Nearly_inf_Imperatif.t;
   perturbations : (mixture, rule) Ckappa_sig.perturbation
Int_storage.Nearly_inf_Imperatif.t;
} 
val empty_actions : actions
val dummy_init : Remanent_parameters_sig.parameters ->
       Exception.method_handler ->
       Exception.method_handler * enriched_init
val upgrade_interface : 'a interface proper_agent ->
       'b interface -> 'b interface proper_agent
val map_agent : ('a -> 'b) ->
       'a interface proper_agent ->
       'b interface proper_agent
val upgrade_some_interface : 'a Ckappa_sig.Site_map_and_set.Map.t proper_agent ->
       'a option Ckappa_sig.Site_map_and_set.Map.t proper_agent
val build_address : Ckappa_sig.c_agent_id ->
       Ckappa_sig.c_agent_name -> Ckappa_sig.c_site_name -> site_address
val max_state_index : Ckappa_sig.c_state -> Ckappa_sig.c_state -> Ckappa_sig.c_state
val min_state_index : Ckappa_sig.c_state -> Ckappa_sig.c_state -> Ckappa_sig.c_state
val rename_mixture : Remanent_parameters_sig.parameters ->
       Exception.method_handler ->
       (Remanent_parameters_sig.parameters ->
        Exception.method_handler ->
        Ckappa_sig.c_agent_id -> Exception.method_handler * Ckappa_sig.c_agent_id) ->
       mixture -> Exception.method_handler * mixture
val join_mixture : Remanent_parameters_sig.parameters ->
       Exception.method_handler ->
       (Remanent_parameters_sig.parameters ->
        Exception.method_handler ->
        Ckappa_sig.c_agent_id -> Exception.method_handler * Ckappa_sig.c_agent_id) ->
       (Remanent_parameters_sig.parameters ->
        Exception.method_handler ->
        Ckappa_sig.c_agent_id -> Exception.method_handler * Ckappa_sig.c_agent_id) ->
       mixture ->
       mixture -> Exception.method_handler * mixture